Publisher's Synopsis
L''annotation, qui consiste � identifier la position du ou des transcrits correspondant � chaque g�ne, est une phase incontournable de la valorisation de la s�quence du g�nome. Plusieurs m�thodes ont �t� propos�es pour automatiser cette t�che mais l''annotateur de r�f�rence reste l''expert humain. Celui-ci utilise ses connaissances en biologie pour interpr�ter une gamme de donn�es provenant de diverses sources qu''il a accumul�es automatiquement sur un locus particulier du g�nome, et applique ensuite un certain nombre de r�gles heuristiques � ces donn�es. L''approche quasi manuelle de l''annotateur n''est toutefois pas applicable � l''ensemble des g�nomes eucaryotes, et nous avons donc cherch� � d�velopper une m�thode automatique qui suive le m�me processus que l''expert humain. Pour ce faire, Exogean utilise des multi-graphes orient�s acycliques color�s (DACMs) o� les sommets sont des objets biologiques (exons, transcrits), et les multiples couleurs d''ar�tes entre les sommets sont des relations entre ces objets, d�riv�es de l''expertise humaine. Les DACMs sont parcourus suivant des chemins qui r�pliquent les r�gles suivies par l''expert humain lorsqu''il analyse les donn�es.
